Préserver la biodiversité aquatique : l’exemple crucial des Vaites à Besançon

Qu’est-ce que la biodiversité aquatique et pourquoi le projet des Vaites pose question ?

Chaque nouveau quartier dessiné en bord de ruisseau ou de marécage pose la même question : comment laisser de la place au vivant, sous et autour de l’eau ? Les Vaites, à Besançon, font figure de cas d’étude qui agite bien au-delà de la Franche-Comté.

Mais avant tout, que signifie exactement « biodiversité aquatique » ? Il s’agit de l’ensemble des organismes qui vivent dans ou autour des milieux d’eau douce : poissons, amphibiens, insectes, mollusques, plantes aquatiques, micro-organismes. Selon l’INRAE, plus de 40% des espèces d’eau douce européennes sont aujourd’hui menacées (INRAE, 2023).

Aux Vaites, les enjeux sont concrets. Zone périurbaine, ce site bisontin combine prairies humides, mares naturelles, enclaves de forêt alluviale et veines d’eau temporairement inondées. Le projet d’urbanisme, initialement pensé pour accueillir quelques 1 150 logements, des équipements publics et 10 hectares d’espaces verts, bouleverse un équilibre rare entre ville et nature (France Bleu, 2023).

Un patrimoine naturel discret mais précieux : zoom sur la faune et la flore des Vaites

Ce qui fait la singularité des Vaites, c’est l’assemblage d’habitats semi-naturels préservés du remblaiement et du drainage intensif. Même en lisière de ville, on y trouve :

• Mares temporaires : abritant tritons et grenouilles agiles.
• Prairies inondables : niches à libellules (notamment Lestes dryas, espèce déterminante au niveau régional).
• Vieux saules, boisements humides : refuges d’oiseaux nicheurs comme le Phragmite des joncs ou les hérons.
• Petits ruisseaux, drains creusés à la main : couloirs pour chabots, loches et larves d’insectes aquatiques.

Le collectif SOS Vaîtes, qui recense depuis 2018 la biodiversité sur place, signale plus de 250 espèces floristiques et faunistiques observées sur moins de 30 hectares (sosvaites.fr).

Parmi elles :

• 18 espèces d’odonates (libellules et demoiselles).
• Plus de 30 espèces d’oiseaux, dont 6 protégées régionalement.
• 8 espèces d’amphibiens, plusieurs crustacés aquatiques, et signe d’écrevisses autochtones.
• Des plantes indicatrices de milieux humides comme la Laîche paniculée.

Quels impacts l’urbanisme peut-il avoir sur la vie aquatique ?

• Disparition des habitats : Remblaiement des mares, suppression de fossés et nivellement des prairies détruisent les abris des batraciens, poissons et invertébrés.
• Fragmentation du milieu : La multiplication des routes, parkings et clôtures isole les populations animales. La continuité écologique s’en trouve brisée, rendant difficile la migration et la reproduction des espèces.
• Pollutions diffuses : L’augmentation des sols imperméabilisés accroît le ruissellement et le lessivage des surfaces polluées (huiles, métaux lourds, pesticides, fertilisants de jardin). Les mares reçoivent ainsi de plus en plus de substances toxiques.
• Modification du régime hydrique : Les réseaux d’évacuation des eaux de pluie, les pompages pour la construction modifient le cycle de l’eau et entraînent un assèchement des zones humides.
• Pression humaine accrue : Le piétinement, l’introduction d’espèces exotiques ornementales, les fuites de bassins ou d’aquariums ont un effet délétère.

Sur le plan statistique, l’artificialisation des sols dans le Grand Besançon a progressé de 30% entre 2001 et 2021 (Observatoire des territoires). Cela concerne aussi bien la zone des Vaites, dont la surface naturelle a reculé.

Des solutions urbanistiques, pratiques et réglementaires pour préserver la biodiversité aquatique

Le défi consiste à concilier accueil de nouveaux habitants et maintien du vivant. Plusieurs pistes concrètes peuvent (et doivent) être explorées :

1. Maintenir des corridors écologiques et espaces tampons

• Éviter d’empiéter sur le lit majeur des petits cours d’eau existants.
• Conserver des bandes enherbées, voire boisées, sur au minimum 10 à 30 mètres de large autour de chaque point d’eau, selon les recommandations de l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse.
• Penser l’urbanisme de façon à reconnecter les milieux fragmentés (passages à faune, trames vertes et bleues).

2. Imposer la gestion écologique des eaux pluviales

• Privilégier les noues, bassins d’infiltration et toitures végétalisées pour éviter le ruissellement direct vers les milieux naturels sensibles.
• Installer des systèmes de filtration des eaux avant rejet.
• Limiter strictement l’emploi de pesticides (arrêtés municipaux, sensibilisation des habitants).

3. Conserver, restaurer et créer des mares et micro-habitats aquatiques

• Diagnostic écologique préalable obligatoire avant travaux.
• Projet de sauvegarde ou déplacement de mares, en s’appuyant sur la méthode déjà testée à Clermont-Ferrand ou Angers (relocalisation de mares à moins de 300 mètres, suivi sur 5 ans).
• Création de mares urbaines, à condition d’assurer l’absence de poissons exogènes et la gestion spécifique des berges.

4. Suivi régulier de la biodiversité et participation citoyenne

• Mise en place de suivis naturalistes, en lien avec les associations locales (LPO Franche-Comté, CPIE, FNE).
• Implication des habitants : chantiers nature, sciences participatives, installation de panneaux pédagogiques.

Quels exemples inspirants, quelles limites ?

Face à l’enjeu, certaines opérations urbaines montrent la voie. À Strasbourg (quartier Danube), des mares de régulation et des fossés à libellules ont été créés à même la trame viaire, avec succès : on y recense aujourd’hui plus de 11 espèces d’amphibiens en zone urbaine (Ville de Strasbourg).

À Rennes, dans le quartier de la Courrouze, la préservation des noues et des prairies humides a permis d’observer le maintien de populations de grenouilles rousses et de nombreux papillons de milieux humides.

Mais il existe aussi des limites : nombre de mares urbaines, trop petites et isolées, périclitent faute de suivi, d’entretien ou de connexion écologique réelle.

Dynamique locale, droits et recours : où en est-on à Besançon ?

Aux Vaites, le projet a longtemps été suspendu par des recours portés au niveau national — symbole d’une lutte pour l’équilibre urbain et naturel. En 2023, le Conseil d’État a relancé l’opération d’urbanisation, non sans contestation. Des collectifs (SOS Vaîtes, France Nature Environnement) continuent de plaider pour une évaluation indépendante du patrimoine aquatique et une révision du schéma actuel (France Bleu).

L’intégration de la biodiversité aquatique dans les projets urbains est désormais encouragée par la loi française depuis 2016 (article L110-1 du code de l’environnement) et par le SDAGE local. Mais le passage à l’acte varie selon la volonté politique municipale, le portage associatif et l’implication des aménageurs.

Entre aspirations écologiques et pressions urbaines : quelles perspectives pour demain ?

Les Vaites, comme d’autres « zones à enjeux » en France, nous obligent à repenser la ville autrement. Prendre au sérieux la biodiversité aquatique, ce n’est plus seulement protéger quelques grenouilles — c’est aussi garantir la qualité de l’eau, la résistance de la nature face aux sécheresses, les corridors pour la truite qui remonte un ruisseau, ou la simple beauté d’un soir d’été, libellule dans le vent.

Les prochaines années seront décisives : soit on retombe dans de vieilles habitudes d’artificialisation, soit on fait des Vaites un laboratoire national de cohabitation entre ville et monde vivant aquatique. Ce choix reste entre les mains des décideurs, mais il mobilise aussi pêcheurs, naturalistes, riverains et citoyens soucieux de garder, au cœur du béton, une rivière vivante.